El Museo de Nerja es una buena opción para adentrarse en la historia Nerja y su entorno inmediato. Aunque estrechamente vinculado a la actividad de la Fundación Cueva de Nerja, debe entenderse como centro museístico y de interpretación de la historia de la ciudad y de la comarca en la que se circunscribe, desde la Prehistoria a la actualidad.
La exposición permanente se presenta en distintos espacios que desarrollan un particular discurso museológico donde se usan productos esenciales en la historia comarcal o paisajes del término municipal para explicar su influencia a lo largo de la historia o en los momentos que tuvieron más protagonismo. De esta forma, la producción textil, el garum, la seda y el azúcar sirven de pretexto para desarrollar los distintos contextos históricos, como el Neolítico, la época romana o la Edad Media, hasta el siglo XX. También se presentan en otro espacio dos paisajes naturales claramente diferenciados, los ámbitos marítimo y terrestre, para explicar la evolución histórica del territorio a lo largo de la historia.
Personajes relevantes en la historia de Nerja en el siglo XVIII, como Manuel Centurión, la industria de la caña de azúcar y, por supuesto, la propia Cueva de Nerja, tienen espacios propios, este último mediante la exposición de materiales arqueológicos procedentes de las distintas campañas de investigación, como los restos de Pepita, un esqueleto con más de 8.000 años de antigüedad que se expone junto a utensilios y amuletos de piedra o hueso, y una colección de cerámicas prehistóricas.
El Museo de Nerja también alberga exposiciones temporales de diversa temática (artísticas e históricas) y celebra talleres y otros eventos culturales con periodicidad.
