Alberga materiales e interpreta yacimientos fenicios destacados del litoral oriental malagueño, caso de Toscanos, y de sus comunidades de interior, caso del Cerro de la Capellanía. Este segundo es especialmente importante en el contexto malagueño para entender la evolución del modelo de ocupación del territorio. Abandonado en el s. VIII a. C., coincidiendo con la instalación de colonias fenicias en la costa, vuelve a ocuparse en los ss. IV a III a.C, en época ibérica.
El museo de la ciudad de Vélez-Málaga, inaugurado en marzo de 2017, está ubicado en el Hospital Real de San Marcos, institución creada por los Reyes Católicos en 1487 y entregada en el siglo XVII a la orden de San Juan de Dios, de la que recibe el nombre actual.
En las instalaciones y salas que rodean su patio mudéjar se exponen más de 1.700 documentos y piezas arqueológicas procedentes de yacimientos de la Axarquía y de otros lugares de la provincia de Málaga.
El interesante discurso museográfico que plantea abarca toda la historia de Vélez-Málaga en el contexto de la Axarquía, desde la Prehistoria, pasando por los destacados restos del mundo fenicio en el litoral oriental malagueño, el proceso de romanización y la posterior islamización de Vélez-Málaga y de las comarcas del interior, planteando explicaciones sobre su evolución social, cultural, económica y política, hasta llegar a la
Edad Moderna y, en particular, a los hechos de la fortificación del litoral contra la piratería y a la modernización de la ciudad a partir del siglo XVIII.
